顶刊精要｜Dionisia Quiroga教授：晚期三阴性乳腺癌循环肿瘤DNA的急性动态变化，靶向治疗与化疗的差异

The Ohio State University, Columbus, Ohio

引言

患者特征

为优化TF变化的检测，首先对每例患者的基线血浆样本进行浅层全基因组测序（sWGS），然后使用ichorCNA算法进行TF分析。选择TF ≥ 10%和/或实体瘤疗效评价标准（RECIST）客观缓解的患者作为最终分析队列，共纳入14例患者（图1B）。所有患者均为白人女性，中位年龄53岁（范围29-74）。在这14例患者中，8例在初诊时为mTNBC（新发疾病），4例被诊断为复发性mTNBC，2例为转移性激素受体低表达（HR-low）、HER2阴性乳腺癌（BC）。所有14例患者既往均接受过紫杉类药物治疗，中位既往治疗线数为1.5线。4例患者接受onalespib剂量水平1（DL1；120mg/m²），7例接受DL3（200mg/m²），3例接受DL4（260mg/m²）。

对来自14例患者的所有可用样本（n=313）进行了sWGS。在313份血浆样本中，104份（33.2%）来自onalespib单药治疗组，114份（36.4%）来自紫杉醇单药治疗组，95份（30.4%）来自onalespib+紫杉醇联合治疗组（图1C）。中位基线TF为15.9%。onalespib组的中位TF为13.0%，紫杉醇组为13.6%，onalespib+紫杉醇组为7.3%（图1D）。根据队列选择高基线TF的标准，大多数样本的TF > 3%。

靶向治疗和细胞毒性治疗输注前与输注后的ctDNA肿瘤分数动态变化

为了解早期TF变化，首先比较了输注前与输注结束（EOI）时间点的TF，以确定单用onalespib、单用紫杉醇或onalespib+紫杉醇联合输注完成后是否存在快速变化。与基线相比，无论剂量水平（DL）如何，onalespib输注结束时的TF均无显著变化（p = 0.44）（图2A）。与输注前相比，紫杉醇输注结束时的TF也无显著变化（p = 0.4375）（图2B）。当在第8天联合给予onalespib和紫杉醇时，在onalespib输注结束时（p = 0.125）或紫杉醇输注结束时（p = 0.625）的TF均无显著变化（图2C）。这表明TF的变化需要比即刻围输注期更长的时间才能对治疗产生反应。

靶向治疗和细胞毒性治疗输注后数分钟至数小时的ctDNA肿瘤分数动态变化

主要目标是评估单用onalespib、单用紫杉醇以及两者联合治疗后6小时和24小时的TF变化。单用onalespib输注后6小时（p = 0.41）或24小时（p = 0.067）的TF均无显著变化（图2D）。有趣的是，紫杉醇输注后6小时TF显著下降（p = 0.03）（图2E）。然而，这种TF下降在输注后24小时时间点并未持续（p = 0.83）。onalespib加紫杉醇输注后6小时或24小时的TF均无显著变化（所有p > 0.05；图2F）。作为探索性分析，为了研究TF是否可能在预先指定的6小时和24小时之外的其他时间点表现出变化，本研究评估了单用onalespib（补充图1A，左图）、单用紫杉醇（补充图1A，中图）以及onalespib+紫杉醇联合（补充图1A，右图）的基线（输注前）时间点与后续每个时间点的比较。虽然在onalespib单独输注后数小时内TF无显著差异，但在紫杉醇单独输注后的多个时间点（包括输注后1小时、2小时、4小时、6小时和8小时）均显示出显著的（名义p < 0.05）下降。对于onalespib和紫杉醇联合输注，TF有不同程度的下降，但同样未发现激增（补充图1A）。令人惊讶的是，紫杉醇输注后1小时即可检测到TF下降。紫杉醇输注后1小时和6小时时间点TF显著下降表明紫杉醇的抗肿瘤活性非常迅速，这可能因为其为细胞毒性药物。相比之下，作为HSP90抑制剂的onalespib可能更多地表现为细胞静止性的抗肿瘤效应，在早期时间点不影响TF水平。

数周内的ctDNA肿瘤分数动态变化

观察治疗第一个周期（C1）期间ctDNA的总体趋势发现，无论是考虑TF的倍数变化（图3A）还是原始TF值（图3B），在周期结束时ctDNA总体呈下降趋势。为了进一步证实这一发现，研究比较了总体基线TF（在第7天onalespib输注前收集）与第1天输注前、第8天输注前以及onalespib+紫杉醇后24小时（即第9天）的TF。虽然第1天未见显著变化（p = 0.36），但在第8天（p = 0.02）和第9天（p = 0.01）观察到TF显著降低（图3C）。通过ichorCNA进行的拷贝数分析（CNA）显示，在相应时间点使用onalespib或紫杉醇治疗后具有高度一致性（补充图2）。这些结果表明，虽然可能在最初的6小时时间点观察到急性TF降低，但持续的TF反应需要至少数天的治疗时间。

ctDNA RECIST与肿瘤大小的相关性

ctDNA-RECIST是一种常用的工具，用于标准化ctDNA变化和反应的测量。当研究者认为每位患者在第一个周期（C1）中的最低TF为使用ctDNA-RECIST判定的“最佳反应”时，65%的患者被分类为疾病稳定，21%为完全缓解，14%为部分缓解。当比较ctDNA-RECIST反应与影像学靶病灶肿瘤大小的变化时，发现半数具有可评估反应的患者中存在的ctDNA-RECIST反应与肿瘤大小变化之间不一致（图3D）。尽管肿瘤在生长，但没有患者被ctDNA-RECIST分类为疾病进展，这一发现凸显了目前ctDNA测量工具的局限性。

肿瘤分数变化与生存结局

治疗期间ctDNA TF的降低与晚期乳腺癌更好的生存结局相关。基线TF低于20%的患者无进展生存期（PFS）率更高（中位PFS：3.5个月 vs. TF ≥ 20%患者的1.3个月，p = 0.002）（图3E）。基线TF低于20%的患者总生存期（OS）有改善趋势，但未达到统计学显著性（中位OS：19.7个月 vs. TF ≥ 20%患者的4.5个月，p = 0.067）（图3F）。然而，当根据ctDNA-RECIST对患者进行分层时，PFS（p = 0.112）或OS（p = 0.131）均无显著差异（补充图S1B-C）。对比从基线到第9天TF下降大于50%与小于50%的患者时，PFS（p = 0.289）或OS（p = 0.492）也无显著差异（补充图S1D-E）。这些结果表明，在本研究中，绝对TF水平是生存结局最具预测性的指标，而非ctDNA-RECIST或测得的ctDNA TF相对于基线的变化。

图1

图2

图3

在本研究中，利用一项1b期临床试验中超过300个储存的血浆时间点，对全身治疗期间和之后进行了一系列ctDNA分析。该队列的一个独特之处在于，同一批患者接受了单用靶向治疗onalespib（第7天）、一周后单用细胞毒性化疗紫杉醇（第1天），以及两者联合（第8天），这有助于在相同人群中追踪TF对不同药物/药物类型反应的动态变化。无论DL如何，onalespib在输注结束前即刻、输注后6小时或24小时均未引起TF的任何显著变化。另一方面，紫杉醇输注后，在多个时间点出现TF下降，但输注后24小时未能持续，这表明紫杉醇或广义上的化疗可能与更早的TF变化相关。据研究者所知，这是第一项在相同患者群体中证明基于治疗类型的ctDNA动态变化存在差异的研究。

随着越来越多的证据表明连续监测ctDNA可指导治疗决策，早期变化在多大程度上可被检测到这一问题引人深思。ctDNA的半衰期不超过两小时，而紫杉醇输注后，在输注后1小时就出现TF下降，并在后续多个时间点（2小时、4小时、6小时、8小时）持续存在；然而，这种下降在输注后24小时并未持续。既往研究报道了放疗和化疗启动后ctDNA出现一过性峰值，可能是由于快速细胞死亡所致。由两个独立研究小组进行的研究发现，一部分头颈癌患者在放疗后第一周内ctDNA水平最初升高。本研究未观察到治疗后TF的上升或激增。尤其引人注目的是，在获得完全治疗反应的患者中也未出现TF激增。这些差异可能是因为诱导癌细胞死亡的机制不同；例如，放疗可能导致同步或更广泛的癌细胞死亡，导致一次性释放更高比例的ctDNA，而全身治疗可能在更长时间内诱导细胞死亡。此外，不同癌症类型基线ctDNA水平的差异可能影响治疗后检测到一过性峰值的可能性。

本研究的数据支持对晚期乳腺癌（特别是三阴性乳腺癌）ctDNA的观测。研究人群中，较高的TF（大于20%）与PFS显著恶化以及OS降低的趋势相关。这一发现与先前显示较高TF与较差预后之间存在关联的研究一致。在治疗的C1期间的第8天和第9天也观察到TF显著下降，这一结果与先前在晚期实体瘤中的研究一致，这些研究表明治疗后ctDNA降低的患者PFS有所改善。值得注意的是，使用ctDNA-RECIST或基于从基线到C1D9的TF下降来表征TF变化，与PFS或OS的显著差异无关。这一发现提示需要进一步研究评估TF变化及其与生存结局相关性的理想参数。

本研究存在若干局限性。虽然评估了超过300个血浆时间点，但患者总数有限。由于样本可用性和质量，存在缺失的时间点，这进一步减少了某些分析中的样本数量。此外，本研究缺乏种族/民族多样性（所有患者均为白人）以及单一机构的地点可能影响其普适性。